因阻截对方弗兰克·兰帕德弄伤足踝，阿隆索因伤休息逾三个月，但是阿隆索比预期更早复出，在欧冠杯八强对阵尤文图斯的第二场上阵复出，在缺少史蒂文·杰拉德的情况下阿隆索打足九十分钟，协助利物浦客场以零比零战平尤文图斯晋身四强。



在2005年的欧冠杯决赛对阵ac米兰的比赛中，阿隆索为利物浦攻入一粒决定性进球，帮助利物浦扳平比分，从而完成惊天大逆转。最终利物浦通过点球大战，时隔二十一年后再次夺得欧冠冠军，这也是阿隆索的首个欧冠冠军。



2005-06赛季阿隆索远离伤病的困扰，成为利物浦的铁打主力。阿隆索为利物浦踢满了欧冠和英超联赛的所有比赛，但利物浦的表现不好，在欧冠赛场止步于十六强。2006年1月7日在英超足总杯第三轮对阵卢顿的比赛中，阿隆索上演梅开二度，协助利物浦以五比三反败为胜。在这个赛季的足总杯决赛，利物浦迎战西汉姆联，阿隆索首发出场协助球队夺得足总杯冠军，这也是阿隆索在利物浦赢得的第二个冠军。



在2007年欧冠杯决赛利物浦再次对阵ac米兰，该场决赛阿隆索有稳定表现，但利物浦最终以二比一落败，无缘再度加冕欧冠冠军。



2007年6月1日阿隆索与利物浦签订了一份为期长达五年的合同，这意味着这阿隆索将继续在安菲尔德效力至2012年，但签下新合同的阿隆索却在接下来的2007-08赛季中受到伤病的困扰，主力位置也一度受到来自新援哈维尔·马斯切拉诺与卢卡斯·雷瓦的挑战。