卫所制被废除，管理全国卫所的五军都督府自然名存实亡，没了作用。
朱慈烺将五军都督职能重新分化，安排各地驻军。
五军都督府，创建于元朝至正年间，朱元璋最初设置统军大元帅府，后来了改成了枢密院，最终又改为大都督府，节制中外诸军事。
为了巩固皇权，洪武十三年，明太祖朱元璋以“权不专于一司，事不留于壅蔽。”为由将大都督府一分为五，为前后左右中五府，自此之后成为定制，一直延续到现在。
起初五军都督府很牛逼，掌天下兵马大权，兵部只是虚有其名，甘愿当小弟。
后来慢慢的，兵部和五军都督府互相牵制，最后兵部完全凌驾于五军都督府之上，成为国家军事最高的管理结构。
这一变化过程，也是大明文武之间的博弈，因为五军都督府的官员基本都是勋贵，而兵部是文官。
即便权力不如以往，但五军都督府的指责基本没变，主要负责掌管军籍、管理地方卫所屯田，募兵、军粮调运等事务。
大明两京一十三省（现在十四省），共有府140个，州193个，县1138个，军事上由493个卫，259个所管辖，这就是卫所制。
五军都督府管着各省的指挥使司，各省指挥使司管理若干个卫，卫下辖一定数量的千户所和百户所。
五军都督府分为中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府，划片管辖地方卫所。
遇到战事，五军都督府得服从兵部安排，领军作战。
当然了，五军都督府可以推选将领，武官的世袭考核及任官比试，由兵部、五府共同主持。
也就是说，五军都督府的武将们，负责管理地方卫所军队，负责募兵、练兵、作战。
而兵部的文官老爷们，负责调兵。
经过与军机部几个勋贵的商议，朱慈烺正式改左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府为东军都督府，西军都督府，南军都督府，北军都督府。
加上不变的中军都督府，五军都督府重置，管辖的地方亦做出变动。
中军都督府，领导指挥直隶、浙江、福建境内所有武装力量，设都督府于直隶南京，由天武三军戍卫直隶，。
东军都督府，领导指挥湖广、河南、江西境内所有武装力量，设都督府于湖广武昌，由安武军驻扎。
南军都督府，领导指挥广东、广西、云南、贵州境内所有武装力量，设都督府于云南昆明，由靖武军驻扎。
西军都督府，领导指挥陕西、四川境内所有武装力量，设都督府于陕西西安，由定西军驻扎。
北军都督府，领导指挥北直隶、山东、山西、大宁境内所有武装力量，设都督府于北直隶北京，由天雄军驻扎。
新的五军都督府，既负责守土边疆，又负责攻略四方，如同五大战区.....
中军都督府，攻略东番、南洋、清国、日本、澳洲，范围是整个南海、东海、太平洋，往美洲发展。
南军都督府，攻略东南亚诸国、印度等地。
北军都督府，攻略漠北，配合征北都护府和征东都护府，攻略清国和西伯利亚，范围到北冰洋。
西军都督府，攻略漠西蒙古，准格尔汗国、叶尔羌汗国、和硕特汗国等，范围到中亚。
东军都督府，负责补位机动，哪方有战事便出兵助攻。
为了调动将士开疆拓土的积极性，朱慈烺实行领地封邑制，只要军功卓著，为大明开疆拓土者，皆可赏赐领土，给予土地使用权。
比如，周遇吉如果能打下漠西一个汗国，为大明开疆拓土百万平方公里，将会得到一县之地的领地，拥有领地内所有土地使用权、经济自主权、人事任免权。
在缴纳赋税和尽其他义务的条件下，周遇吉的子孙后代亦可世袭领地，但不能转让，直到爵位世袭完了为止，朝廷再收回土地使用权。
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