尚书台下属诸部曹裁并为六部。



以长安令羊昙为吏部尚书。



合左民部度支、左民、田曹为户部，建康令沈叔任为户部尚书。



合五兵曹、中兵曹、外兵曹为兵部，京兆尹到彦之为兵部尚书。



大司马长史谢汪为礼部尚书。



以起部、水部、将作诸曹为工部，命主记室掾兼汉中长史赵伦之为工部尚书。



改都官曹为刑部，以荆州长史徐益之为刑部尚书。



各部下设司，吏部设考功司、刑部设稽查司、户部设厘清司、礼部设循例司、兵部设军训司、工部设经历司，合计六部二十四司，各司设主事一名。



京城洛阳设六部，各州设六厅，郡设六司，县设六科。



设立枢密院，以枢密使为正，枢密副使为辅，同知枢密院事为佐之。



以平西将军、雍州刺史沈玉为枢密使，晋大将军，封广平郡公。



以平东将军诸葛侃、汉中太守田洛、朱谌为枢密副使。



晋诸葛侃为大司马，封北平郡公，田洛为骠骑将军，封范阳郡公，朱谌为前将军，封襄阳郡公，以酬其功。



镇南将军刘裕进征南将军，封博陆侯，晋破虏将军、雍州司马郑略为安西将军，封敦煌郡公，二人为同知枢密院事。



设立三司使司，下辖盐铁酒铁、商业、河道漕运、关税、农税等，以军师祭酒郭裳为第一任三司使。



另以大司马功曹徐泽之为永嘉太守，防范徐道覆。



以大司马从事中郎桓肃之为洛阳令。



其余文武，依次以功勋进爵加官。